제 경우 장비 제어쪽 프로그램을 하기 때문에 시리얼 포트를 많이 사용하는 편인데
포트 2개를 열었다고 문제 생긴 경우는 없었습니다. 저는 멀티 포트를 사용해서 8개 이상도 사용해 봤습니다.

아마 통신할때 쓰레드를 이용하신것 같은데 포트를 2개 사용한다고 해서 쓰레드를 2개 만드시고 각각의
쓰레드에서 통신을 담당하도록 만드신 것 같습니다.

왜 각각의 쓰레드를 사용했는지는 모르지만 그렇게 사용하지 마시고 하나의 쓰레드나 아니면
쓰레드를 사용하지 말고 타이머 등을 이용해서

각 포트를 순차적으로 Calling 을 해 보세요..

코드를 못봐서 잘 모르겠지만 쓰레드를 각 포트마다 만들면서 리소스 공유 문제가 발생하는게
아닌가 하는 의심이 드는군요..

그럼 도움이 되시길