테스트 결과
정확한 이유는 모르겠지만 Main폼이 아닌데서 다른 Application으로 focus를 옮길때...
SetWindowPos를 해도 안되네요

방법은...

1. Application의 Application->OnDeactivate이벤트에다가 함수를 걸어둡니다.
    : Form의 Deactive이벤트는 Applicatiion내에서 다른폼으로 focus가 바뀔대 이벤트가 뜨지만
    : Application->OnDeactivate 현재 focus가 main폼이든 child든 어디서든지 다른 application으로
      focus가 바뀌면 이벤트가 발생합니다.

2. 항상 Main폼이 Active되어있는 상태에서 다른 Application으로 focus가 움질일때만
     SetWindowPos(..TOPMOST..) 가 제대로 먹는 현상을 확인하구요

    Application->OnDeactivate 함수에서 Main폼에 focus를 준후에
   //    SetWindowPos( Handle, HWND_TOPMOST, Left, Top, Width, Height,SWP_SHOWWINDOW );
     Child폼을 Topmost로 해주면 됩니다.
//SetWindowPos( Form2->Handle, HWND_TOPMOST, Form2->Left, Form2->Top, Form2->Width, Form2->Height, SWP_NOACTIVATE );

[샘플 코드]

void __fastcall TForm1::FormCreate(TObject *Sender)
{
    Form2=new TForm2( NULL);
    Form2->Show();
    Application->OnDeactivate=FormAppDeactivate;
}
//---------------------------------------------------------------------------

void __fastcall TForm1::FormAppDeactivate(TObject *Sender)
{

    SetWindowPos( Handle, HWND_TOPMOST, Left, Top, Width, Height,SWP_SHOWWINDOW );
    SetWindowPos( Form2->Handle, HWND_TOPMOST, Form2->Left, Form2->Top, Form2->Width, Form2->Height, SWP_NOACTIVATE );


}

sad-eyes 님이 쓰신 글 :
: 안녕하세요.
: 종종 고수님들이 남기신 글을 보고 도움을 받고 있는 초보개발자 입니다.
: 제가 지금 처리하고 있는 윈도우에 Topmost기능을 넣어보려 하는데 잘 안되서요..
:
: A윈도우가 있습니다.
: A윈도우 안에는 A를 Owner와 Parent로 갖는 child B윈도우가 여러개 있습니다.
: A윈도우를 생성하고 B윈도우를 생성한 후에..
: A윈도우가 표시중인 상태에서 B윈도우 캡션을 클릭하여 A윈도우 영역 밖으로 드래그하면
: B윈도우의 Parent를 GetDesktopWindow로 바꾸고 Topmost 속성을 주어서 항상 최상위에
: 오게 하고 싶은데요. 잘 안됩니다.
:
: 네이트온 메신저 같이 아이디를 클릭해서 메신저 영역밖으로 드래그하면 플로팅 되어
: 네이트온 메신저가 minimize되어도.. 플로팅 윈도우는 항상 최상위로 뜨잖아요.
: 메신저는 아니지만 저는 이런 기능의 윈도우를 작성중인데 일주일째 도전하다 포기할까
: 어쩔까 기로에 놓였습니다 .. ㅜㅜ
:
: SetWindowPos .. 함수에 HWND_TOPMOST 속성도 주어보고..
: fsStayOnTop 속성도 주어보고 했습니다만 잘 안됩니다.
: 또 만약 child B가 플로팅처럼 되엇어도.. 전체 App가 minimize되면 같이 사라져버리네요.
: 괴롭습니다.. 고수님들 도움좀 주세요 ..이거 꼭 구현해야 되는데.. 정석이 없는건지요?