배열을 num[6]에서 num[6][5]로 확장하시구요.

난수 발생, 비교저장, 숫자정렬 부분을 5번 반복하세요.

for문을 이용해서 반복하면 되겠네요..

예)

for(i=0; i<5; i++)
{
    난수발생;
    비교저장;
    숫자정렬;
}

// 화면 출력부분 
for(i=0; i<5; i++)  
{ 
    for(j=0; j<6; j++) printf("%d ",num[j][i]); 
    printf("\n");
}