저도 그런 일을 당한 적이 있긴 있었는데요..
결론은 C++ Builder 5와 6 사이의 문제가 아니었고 새버전으로 설치한 Virtual Tree의 문제였습니다.
왜 그런지는 확인되지 않았지만 같은 버전의 Virtual Tree를 다른 컴퓨터의 Delphi 6에도 설치해서 테스트 해 보니 동일한 현상이 나타나더군요.

말씀하신 프로젝트가 서드파티 컴포넌트들을 사용하고 있다면 이를 의심해 보시는게 좋을 듯 싶네요.
특히 디자인타임 패키지에 문제가 있을 경우 그런 현상이 나타날 수 있습니다.


새 어플리케이션을 하나 만든 다음에 그 프로젝트에 사용된 모든 서드파티 컴포넌트들을 박아넣고 실행한 후에 빌더를 닫아보세요. 만일 같은 현상이 나타난다면 십중팔구는 컴포넌트의 문제입니다.