InstallShield 5.5 Professional Edition 사용자 입니다.
5.5 버젼을 기준으로 설명 드리겠습니다...
저도 잘은 모르거든요...
아이콘 생성은... Project Workspace창에서.. Resources Tab에서
생성을 할수 있습니다.
1) TreeView -> Shell Objects -> Desktop
    여기에 Shortcut를 생성하면 바탕화면에 단축아이콘을 만들수 있습니다.
    물론 정보 상세 정보를 수정 하셔야겠죠.

    상세정보는 Shortcut Text, Target, Start In을 수정하면 가능합니다.

2) TreeView -> Shell Objects -> Desktop -> Start Menu
    여기에 Shortcut및 폴더를 생성하면 시작메뉴 위쪽에 단축 아이콘 및
    폴더가 생성됩니다...
    상세정보수정은 1번과 동일합니다.

3) TreeView -> Shell Objects -> Desktop -> Start Menu -> Programs
        -> Sample Company
    여기에 Shortcut 및 Folder를 생성하면 시작메뉴->프로그램메뉴->
        "설치할려는프로그램"
    내에 단축 아이콘 및 폴더가 생성 됩니다...

이런 형식으로 단축 아이콘 및 폴더를 만들수 있습니다....

InstallShield를 많이 사용해 보지 않아서
참고가 되었는지 모르겠네요....
즐거운 하루 되세요....