UpdateWindow(Handle); 를 사용해보시구요.
아래는 알고 계시겠지만 에제입니다.

  STARTUPINFO         si;
  PROCESS_INFORMATION pi;

  ZeroMemory( &si, sizeof(STARTUPINFO) );
  ZeroMemory( &pi, sizeof(PROCESS_INFORMATION) );

  si.cb          = sizeof( STARTUPINFO );
  si.dwFlags     = STARTF_USESHOWWINDOW;
  si.wShowWindow = SW_SHOWNORMAL;

  CreateProcess( NULL, "notepad c:\\회신내용.txt", NULL, NULL, FALSE,
    0, NULL, NULL, &si, &pi );

  WaitForInputIdle( GetCurrentProcess(), INFINITE );
  if( pi.hProcess ){
    DWORD dwExitCode = STILL_ACTIVE;
    while ( dwExitCode == STILL_ACTIVE )
    {
      WaitForSingleObject( pi.hProcess, 1000 );
      GetExitCodeProcess( pi.hProcess, &dwExitCode );
      UpdateWindow(Handle);
    }
  }


안종필 님이 쓰신 글 :
: CreateProcess로 다른 프로그램을 실행시키고.. 자신 즉, 부모는 대기상태로 돌아갑니다..
: 그리고, 자식프로그램이 종료될때 까지 대기하는거죠..
: 그런데, 부모프로그램의 화면이 Clear되더군요..(Paint가 안되는데..)
: 부모의 화면이 Clear안되면서 자식프로그램이 종료될때까지 대기할 순 없나요...